| Sumario: | Debido a ciertas limitaciones que presentan los marcadores morfológicos para la identificación de materiales cercanos genéticamente (en colecciones de germoplasma), se hace necesario recurrir a métodos más confiables tales como los marcadores bioquímicos (proteínas e isoenzimas) que discriminan cultivares comparando los productos de la actividad génica. En este trabajo la electroforésis en gel de polyacrilamida fue desarrollada para determinar electroforegramas de proteínas e isoenzimas esterasas en cultivares de ajo (Allium sativum L.) como marcadores potenciales de genotipos. Extractos de diferentes tejidos (hoja, raíz y bulbillos) fueron probados. En general, los extractos de bulbillos dan patrones de proteínas con mayor número de bandas, en relación con los de raíz y hojas; en el caso de isoenzimas los mejores patrones se presentaron con extractos de hojas. Los electroforegramas de proteínas e isoenzimas permitieron detectar variación intervarietal entre los 14 cultivares estudiados; se encontró que hay 2 grupos de variedades que difieren en la morfología de la planta, un grupo representando por los ajos sin túnica envolvente de los bulbos y el otro por los genotipos de bulbo cubierto por túnicas, a la vez, conformado por los subgrupos ajos Peruanos pequeños, Chilenos, y ajos de bulbo grande Gigantes
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