Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos
Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados d...
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|---|---|
| Format: | Conferencia |
| Language: | Español |
| Published: |
Sociedad Argentina de Informática (SADIO)
2024
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| Subjects: | |
| Online Access: | http://hdl.handle.net/20.500.12123/17794 |
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|---|---|
| author | Machado, Rodrigo Moschen, Sebastian Nicolas Gonzalez, Sergio Alberto Conti, Gabriela Massaro, Mora Di Rienzo, Julio Alejandro Burdyn, Lourdes Hopp, Horacio Esteban Fernandez, Paula Del Carmen |
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| description | Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 (Naranjas afectadas con HLB) y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT. |
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| institution | Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA -Argentina) |
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| publishDate | 2024 |
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| spelling | INTA177942024-05-17T16:29:17Z Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos Machado, Rodrigo Moschen, Sebastian Nicolas Gonzalez, Sergio Alberto Conti, Gabriela Massaro, Mora Di Rienzo, Julio Alejandro Burdyn, Lourdes Hopp, Horacio Esteban Fernandez, Paula Del Carmen Metadatos Transcriptómica Bioinformática Metadata Transcriptomics Bioinformatics Raspado web Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 (Naranjas afectadas con HLB) y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT. EEA Concordia Fil: Machado, Rodrigo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concordia; Argentina. Fil: Moschen, Sebastian Nicolas. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; Argentina. Fil: Gonzalez, Sergio Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Gonzalez, Sergio Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Conti, Gabriela. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Conti, Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Massaro, Mora. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Biología y medicina experimental; Argentina Fil: Massaro, Mora. Universidad de Buenos Aires (UBA). Instituto de Biología y medicina experimental; Argentina Fil: Di Renzo, Julio Alejandro. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Agropecuarias; Argentina Fil: Burdyn, Lourdes. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Concordia; Argentina. Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Hopp; Horacio Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina 2024-05-17T16:25:25Z 2024-05-17T16:25:25Z 2021-10 info:ar-repo/semantics/documento de conferencia info:eu-repo/semantics/conferenceObject info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://hdl.handle.net/20.500.12123/17794 2525-0949 spa info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf Sociedad Argentina de Informática (SADIO) 50 Jornadas Argentinas de Informática (50 JAIIO) , Congreso de AgroInformática (CAI 2021), Modalidad Virtual, 18 al 29 de octubre de 2021 50° Jornadas Argentinas de Informática (50 JAIIO) y 13°Congreso de AgroInformática (CAI 2021), Modalidad Virtual, 18 al 29 de octubre de 2021 |
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