Generación de una herramienta para la búsqueda de metadata asociada a transcriptos

Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados d...

Full description

Bibliographic Details
Main Authors: Machado, Rodrigo, Moschen, Sebastian Nicolas, Gonzalez, Sergio Alberto, Conti, Gabriela, Massaro, Mora, Di Rienzo, Julio Alejandro, Burdyn, Lourdes, Hopp, Horacio Esteban, Fernandez, Paula Del Carmen
Format: info:ar-repo/semantics/documento de conferencia
Language:Español
Published: Sociedad Argentina de Informática (SADIO) 2024
Subjects:
Online Access:http://hdl.handle.net/20.500.12123/17794
Description
Summary:Al analizar un transcriptoma en primera instancia se debe realizar un pre-procesamiento computacional de las lecturas de transcriptos generados por secuenciadores masivos y posterior obtención de la expresión diferencial de los genes asociados a muestras control y tratadas. Los genes cuantificados deben ser caracterizados con el fin de obtener toda la información posible de la secuencia del genoma, para luego ser anotados funcionalmente. En ese sentido, el desarrollo de un buscador de metadata asociada a cada lectura de manera personalizada para cada experimento y/o especie conlleva grandes ventajas. En el presente trabajo, se utilizó como punto de partida una tabla de expresión diferencial obtenida a partir del procesamiento bioinformático de la colección biológica PRJNA417324 (Naranjas afectadas con HLB) y mediante la técnica de raspado web, empleando el programa Beautiful Soup, se obtuvo metadata asociada para cada transcripto a partir de la base de datos UNIPROT.