| Summary: | Se estudió la diversidad genética presente en el banco de germoplasma de Theobroma cacao L. que se conserva en la Estación Experimental 'La Suiza' de la Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria -CORPOICA- en el departamento de Santander. A tal fin se caracterizaron 100 genotipos de cacao mediante isoenzimas, RFLPs, RAPDs y SSR, utilizando 25 microsatélites publicados previamente en el GenBank. El porcentaje de amplificación obtenido fue del 100 por ciento lo que permitió identificar 168 alelos. Los niveles de polimorfismo variaron entre 2 y 14 alelos por locus con un promedio de 6,72. Las tasas de similaridad y distancia genética de Nei y Li entre los 100 genotipos se obtuvieron mediante el programa NTSYS v2.1® y se construyó un dendrograma con el algoritmo UPGMA. Los valores obtenidos fueron superiores a 0,45 y en el dendrograma se identificaron dos grupos genéticos principales y varios subgrupos internos. Los resultados obtenidos se consideran un avance importante en el conocimiento de la diversidad genética de accesiones de Theobroma cacao L. conservadas en bancos de germoplasma y son de gran utilidad para desarrollar e implementar programas de mejoramiento y conservación del cacao basados en información genética relativa a características fenotípicas que favorezcan una mejor calidad, mayor producción y rentabilidad del cultivo en Colombia.
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