Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)

Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)

Descrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil...

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Bibliographic Details
Main Authors: Rojas G., Salvador, Rodrigues, Doriani, Lima, Marcicleide, Astolfi Fhilo, Spartaco
Format: article
Language:Español
Published: ‎‎Corporación colombiana de investigación agropecuaria - AGROSAVIA 2019
Subjects:
Frutales
Online Access:http://hdl.handle.net/20.500.12324/35076
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spelling RepoAGROSAVIA350762023-11-02T14:45:18Z Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh) Desenvolvimento e mapeamento de microssatélites gênicos (EST-SSRs) de camu-camu (Myrciaria dubia [H.B.K.] McVaugh) Rojas G., Salvador Rodrigues, Doriani Lima, Marcicleide Astolfi Fhilo, Spartaco Frutales Descrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas.    2019-08-09T19:29:52Z 2019-08-09T19:29:52Z 2008-07-06 2008 article Artículo científico http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1 info:eu-repo/semantics/article https://purl.org/redcol/resource_type/ART http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 2500-5308 (e-issn) 0122-8706 http://hdl.handle.net/20.500.12324/35076 10.21930/rcta.vol9_num1_art:100 reponame:Biblioteca Digital Agropecuaria de Colombia repourl:https://repository.agrosavia.co instname:Corporación colombiana de investigación agropecuaria AGROSAVIA spa Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ info:eu-repo/semantics/openAccess application/pdf application/pdf ‎‎Corporación colombiana de investigación agropecuaria - AGROSAVIA Revista Ciencia y Tecnología Agropecuaria; Vol 9 Núm.1 (2008); 14-21
institution Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria
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Rojas G., Salvador
Rodrigues, Doriani
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Development and mapping of genic microsatellites (EST-SSRs) from camu-camu (Myrciaria dubia[H.B.K.] McVaugh)
description Descrevemos o desenvolvimento marcadores de nucleotídeos repetidos em tandem de seqüências expressas (EST-SSRs) o microssatélites gênicos de camu-camu, a qual é uma pequena fruta nativa da Amazônia que cotem o mais alto conteúdo de vitamina C natural de qualquer fruteira conhecida no mundo. Dois mil seqüências da biblioteca de ESTs de camu-camu foram analisadas e 219 EST-SSRs para o desenvolvimento de marcadores moleculares foram identificadas e analisadas. Dos 219 EST-SSRs 74,2% foram perfeitos simples e 22,7% perfeitos interrompidos. Os EST-SSRs foram 13% trinucleotídeos e 87% dinucleotídeos; os dinucleotídeos mais freqüentes foram GA, CT, AG e TC motivos comuns em outras dicotiledôneas. Os marcadores obtidos foram usados para identificar seu poder de amplificação para detectar polimorfismos e testar a transferibilidade com quatro espécies da família Mirtaceae; além disso, foram comparados com seqüências de proteínas de outras espécies depositadas nas bases de dados do National Center for Biotechnology Information NCBI. Dos EST-SSRs, 20,8% tiveram boas características para o desenho de “primers”, deste grupo 15 “primers” foram sintetizados, oito apresentaram polimorfismo para o camu-camu detectando em 139 acessos de camu-camu entre 7 e 21 alelos/loci, alem disso, seis de estes EST-SSRs amplificaram em quatro espécies mirtáceas. As seqüências dos oito EST-SSRs tiveram alguma relação com proteínas conhecidas, cinco apresentaram valores entre <1E-51 e <1E-109. Esta metodologia de obtenção de EST-SSRs de camu-camu a partir de informações de bases de dados públicas ou bibliotecas disponíveis, pode ser aplicada a baixo custo em outras espécies para estudos de diversidade, transferibilidade e nos estudos de similaridade com proteínas conhecidas.   
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