Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias

La colección de germoplasma de níspero del IVIA cuenta con 120 variedades, de las cuales 20 proceden de mutaciones identificadas de la variedad Algerie y el resto de diversos países donde el cultivo es importante, sobre todo de China, país de origen de la especie. La caracterización detallada de cua...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Polo-Oltra, Ángela, Badenes, María Luisa, Zuriaga, Elena
Lenguaje:Inglés
Publicado: 2023
Materias:
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/20.500.11939/8615
http://www.sech.info/pontevedra2022/resumenes_nuevo.pdf#page=41
_version_ 1855032822700441600
author Polo-Oltra, Ángela
Badenes, María Luisa
Zuriaga, Elena
author_browse Badenes, María Luisa
Polo-Oltra, Ángela
Zuriaga, Elena
author_facet Polo-Oltra, Ángela
Badenes, María Luisa
Zuriaga, Elena
author_sort Polo-Oltra, Ángela
collection ReDivia
description La colección de germoplasma de níspero del IVIA cuenta con 120 variedades, de las cuales 20 proceden de mutaciones identificadas de la variedad Algerie y el resto de diversos países donde el cultivo es importante, sobre todo de China, país de origen de la especie. La caracterización detallada de cualquier colección de germoplasma es un requisito fundamental para poder aprovechar al máximo estos recursos. En este trabajo presentamos el genotipado mediante secuenciación de 76 accesiones de la colección para estudiar su diversidad a escala genómica. Tras realizar un experimento piloto empleando 2 enzimas de restricción (ApeKI y PstI) para comprobar su idoneidad en el caso de níspero, se eligió ApeKI para la construcción de la librería y secuenciación del resto de muestras. Se obtuvo un promedio de 3 millones de lecturas por muestra de las que mapearon frente al genoma de referencia un 83,66%. En la búsqueda de variantes frente al genoma de referencia se identificaron entre 58.153 y 140.162 posiciones variables por muestra, con una media de 105.911. En total se identificaron 290.279 posiciones variables en las 76 muestras, distribuidas en los 17 cromosomas. Tras un filtrado exhaustivo, seleccionamos cerca de 9.000 marcadores de tipo SNPs e INDELs con los que evaluamos la diversidad y las relaciones entre las accesiones. Los resultados obtenidos abren la puerta al uso de marcadores para identificación varietal. Además, nos permitirán, mediante la combinación con datos morfológicos y pomológicos, realizar mapeo por asociación para la identificación de regiones del genoma involucradas en el control de caracteres de interés para la mejora de esta especie.
id ReDivia8615
institution Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA)
language Inglés
publishDate 2023
publishDateRange 2023
publishDateSort 2023
record_format dspace
spelling ReDivia86152025-04-25T14:54:39Z Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias Polo-Oltra, Ángela Badenes, María Luisa Zuriaga, Elena níspero, genotipado, germoplasma, diversidad La colección de germoplasma de níspero del IVIA cuenta con 120 variedades, de las cuales 20 proceden de mutaciones identificadas de la variedad Algerie y el resto de diversos países donde el cultivo es importante, sobre todo de China, país de origen de la especie. La caracterización detallada de cualquier colección de germoplasma es un requisito fundamental para poder aprovechar al máximo estos recursos. En este trabajo presentamos el genotipado mediante secuenciación de 76 accesiones de la colección para estudiar su diversidad a escala genómica. Tras realizar un experimento piloto empleando 2 enzimas de restricción (ApeKI y PstI) para comprobar su idoneidad en el caso de níspero, se eligió ApeKI para la construcción de la librería y secuenciación del resto de muestras. Se obtuvo un promedio de 3 millones de lecturas por muestra de las que mapearon frente al genoma de referencia un 83,66%. En la búsqueda de variantes frente al genoma de referencia se identificaron entre 58.153 y 140.162 posiciones variables por muestra, con una media de 105.911. En total se identificaron 290.279 posiciones variables en las 76 muestras, distribuidas en los 17 cromosomas. Tras un filtrado exhaustivo, seleccionamos cerca de 9.000 marcadores de tipo SNPs e INDELs con los que evaluamos la diversidad y las relaciones entre las accesiones. Los resultados obtenidos abren la puerta al uso de marcadores para identificación varietal. Además, nos permitirán, mediante la combinación con datos morfológicos y pomológicos, realizar mapeo por asociación para la identificación de regiones del genoma involucradas en el control de caracteres de interés para la mejora de esta especie. 2023-05-23T09:51:24Z 2023-05-23T09:51:24Z 2022 Polo-Oltra, Á., Badenes, M. L. & Zuriaga, E. (2022). Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias. Congreso nacional de mejora genética de plantas, [presentación de póster]. https://hdl.handle.net/20.500.11939/8615 http://www.sech.info/pontevedra2022/resumenes_nuevo.pdf#page=41 en 2022-09 X Congreso de Mejora Genética de Plantas Pontevedra, España openAccess electronico
spellingShingle níspero, genotipado, germoplasma, diversidad
Polo-Oltra, Ángela
Badenes, María Luisa
Zuriaga, Elena
Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title_full Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title_fullStr Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title_full_unstemmed Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title_short Genotipado mediante secuenciación de la colección de germoplasma de níspero del Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias
title_sort genotipado mediante secuenciacion de la coleccion de germoplasma de nispero del instituto valenciano de investigaciones agrarias
topic níspero, genotipado, germoplasma, diversidad
url https://hdl.handle.net/20.500.11939/8615
http://www.sech.info/pontevedra2022/resumenes_nuevo.pdf#page=41
work_keys_str_mv AT polooltraangela genotipadomediantesecuenciaciondelacolecciondegermoplasmadenisperodelinstitutovalencianodeinvestigacionesagrarias
AT badenesmarialuisa genotipadomediantesecuenciaciondelacolecciondegermoplasmadenisperodelinstitutovalencianodeinvestigacionesagrarias
AT zuriagaelena genotipadomediantesecuenciaciondelacolecciondegermoplasmadenisperodelinstitutovalencianodeinvestigacionesagrarias