Aplicación de la biotecnología en los programas actuales de mejora
La disponibilidad de una secuencia genómica bien anotada y de un transcriptoma completo facilita enormemente la localización e identificación de los genes involucrados en los caracteres de interés. Conocer la variación en estas secuencias génicas y genómicas es un paso previo necesario para asociarl...
| Autores principales: | , , , |
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| Otros Autores: | |
| Formato: | bookPart |
| Lenguaje: | Español |
| Publicado: |
Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA)
2020
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| Materias: | |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/20.500.11939/6523 |
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|---|---|
| author | Rubio-Cabetas, María J. Picó, Belén Casas, Ana Badenes, María L. |
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| description | La disponibilidad de una secuencia genómica bien anotada y de un transcriptoma completo facilita enormemente la localización e identificación de los genes involucrados en los caracteres de interés. Conocer la variación en estas secuencias génicas y genómicas es un paso previo necesario para asociarla a la variabilidad fenotípica que se observa en los cultivos, lo que resulta esencial para su mejora. Desde hace varios años venimos asistiendo a una revolución de las técnicas de secuenciación, con el desarrollo de plataformas de secuenciación a gran escala, denominadas colectivamente “Next Generation Sequencing” (NGS) technologies (Shendure y Ji, 2008; Metzker, 2010). Las más empleadas son las denominadas de segunda generación, como la plataforma Roche 454®, el sistema Illumina®, el más utilizado en la actualidad, la tecnología de Applied Biosystems SOLiD® o la estrategia Ion Torrent TM de Life technologies. Además, se están poniendo a punto otras técnicas NGS de tercera generación, como Helicos Heliscope®, Complete Genomics®, and Pacific Biosciences SMRT®, algunas basadas en la secuenciación de moléculas individuales de mayor longitud (Niedringhaus et al., 2011). Todas estas
técnicas llevan a cabo millones de reacciones de secuenciación en paralelo y, asociadas al avance en las estrategias bioinformáticas de análisis, han permitido obtener grandes cantidades de secuencia genómica y transcriptómica en numerosos cultivos y especies silvestres relacionadas, a muy bajo costo y en un tiempo récord. Las secuencias generadas suelen depositarse en la base de datos “Sequence Read Archive” del NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/). Aparte de la información del NCBI, resultan de interés las bases de datos del PLantGDB Phytozome y EnsemblPlants; http://www.plantgdb.org; http://www.phytozome.net; http://plants.ensembl.org/index.html. Los avances también se describen en revisiones recientes (Pérez de Castro et al., 2012; Gao et al., 2012). |
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| institution | Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) |
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| spelling | ReDivia65232025-04-25T14:50:24Z Aplicación de la biotecnología en los programas actuales de mejora Rubio-Cabetas, María J. Picó, Belén Casas, Ana Badenes, María L. Socias i Company, Rafel Biotecnología Fitomejoramiento F30 Plant genetics and breeding La disponibilidad de una secuencia genómica bien anotada y de un transcriptoma completo facilita enormemente la localización e identificación de los genes involucrados en los caracteres de interés. Conocer la variación en estas secuencias génicas y genómicas es un paso previo necesario para asociarla a la variabilidad fenotípica que se observa en los cultivos, lo que resulta esencial para su mejora. Desde hace varios años venimos asistiendo a una revolución de las técnicas de secuenciación, con el desarrollo de plataformas de secuenciación a gran escala, denominadas colectivamente “Next Generation Sequencing” (NGS) technologies (Shendure y Ji, 2008; Metzker, 2010). Las más empleadas son las denominadas de segunda generación, como la plataforma Roche 454®, el sistema Illumina®, el más utilizado en la actualidad, la tecnología de Applied Biosystems SOLiD® o la estrategia Ion Torrent TM de Life technologies. Además, se están poniendo a punto otras técnicas NGS de tercera generación, como Helicos Heliscope®, Complete Genomics®, and Pacific Biosciences SMRT®, algunas basadas en la secuenciación de moléculas individuales de mayor longitud (Niedringhaus et al., 2011). Todas estas técnicas llevan a cabo millones de reacciones de secuenciación en paralelo y, asociadas al avance en las estrategias bioinformáticas de análisis, han permitido obtener grandes cantidades de secuencia genómica y transcriptómica en numerosos cultivos y especies silvestres relacionadas, a muy bajo costo y en un tiempo récord. Las secuencias generadas suelen depositarse en la base de datos “Sequence Read Archive” del NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/). Aparte de la información del NCBI, resultan de interés las bases de datos del PLantGDB Phytozome y EnsemblPlants; http://www.plantgdb.org; http://www.phytozome.net; http://plants.ensembl.org/index.html. Los avances también se describen en revisiones recientes (Pérez de Castro et al., 2012; Gao et al., 2012). 2020-06-11T15:54:58Z 2020-06-11T15:54:58Z 2014 bookPart publishedVersion Rubio-Cabetas, M. J., Picó, B., Casas, A. & Badenes, M. L. (2014). Aplicación de la biotecnología en los programas actuales de mejora. En: Socias i Company, R. (ed.) La obtención de variedades: desde la mejora clásica hasta la mejora genética molecular, 97-137. Zaragoza: CITA. 978-84-8380-320-2 http://hdl.handle.net/20.500.11939/6523 es La obtención de variedades: desde la mejora clásica hasta la mejora genética molecular Atribución-NoComercial-SinDerivadas 3.0 España http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ openAccess Centro de Investigación y Tecnología Agroalimentaria de Aragón (CITA) electronico |
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