Transcriptome survey of Patagonian southern beech Nothofagus nervosa (= N. Alpina): assembly, annotation and molecular marker discovery
Nothofagus nervosa is one of the most emblematic native tree species of Patagonian temperate forests. Here, the shotgun RNA-sequencing (RNA-Seq) of the transcriptome of N. nervosa, including de novo assembly, functional annotation, and in silico discovery of potential molecular markers to support po...
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| Lenguaje: | Inglés |
| Publicado: |
Genomics 13: 291 (2012)
2021
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| Materias: | |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/20.500.12123/8953 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-13-291 https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-291 |
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| author | Torales, Susana Leonor Rivarola, Maximo Lisandro Pomponio, Maria Florencia Fernandez, Paula Del Carmen Acuña, Cintia Vanesa Marchelli, Paula Gonzalez, Sergio Azpilicueta, Maria Marta Hopp, Horacio Esteban Gallo, Leonardo Ariel Paniego, Norma Beatriz Marcucci Poltri, Susana Noemi |
| author_browse | Acuña, Cintia Vanesa Azpilicueta, Maria Marta Fernandez, Paula Del Carmen Gallo, Leonardo Ariel Gonzalez, Sergio Hopp, Horacio Esteban Marchelli, Paula Marcucci Poltri, Susana Noemi Paniego, Norma Beatriz Pomponio, Maria Florencia Rivarola, Maximo Lisandro Torales, Susana Leonor |
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| author_sort | Torales, Susana Leonor |
| collection | INTA Digital |
| description | Nothofagus nervosa is one of the most emblematic native tree species of Patagonian temperate forests. Here, the shotgun RNA-sequencing (RNA-Seq) of the transcriptome of N. nervosa, including de novo assembly, functional annotation, and in silico discovery of potential molecular markers to support population and associations genetic studies, are described. |
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| institution | Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA -Argentina) |
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| spelling | INTA89532021-03-22T18:14:16Z Transcriptome survey of Patagonian southern beech Nothofagus nervosa (= N. Alpina): assembly, annotation and molecular marker discovery Torales, Susana Leonor Rivarola, Maximo Lisandro Pomponio, Maria Florencia Fernandez, Paula Del Carmen Acuña, Cintia Vanesa Marchelli, Paula Gonzalez, Sergio Azpilicueta, Maria Marta Hopp, Horacio Esteban Gallo, Leonardo Ariel Paniego, Norma Beatriz Marcucci Poltri, Susana Noemi Nothofagaceae Nothofagus Variedades Varieties Pyrosequencing De Novo Transcriptome Assembly Forest Genomics SSRs Functional Annotation Pirosecuenciación Montaje de Transcriptoma de Novo Genómica Forestal Anotación Funcional Región Patagónica Nothofagus nervosa is one of the most emblematic native tree species of Patagonian temperate forests. Here, the shotgun RNA-sequencing (RNA-Seq) of the transcriptome of N. nervosa, including de novo assembly, functional annotation, and in silico discovery of potential molecular markers to support population and associations genetic studies, are described. Fil: Torales, Susana Leonor. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Rivarola, Maximo Lisandro. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Pomponio, Maria Florencia. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Recursos Biológicos; Argentina Fil: Fernandez, Paula Del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Cintia Vanesa. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Marchelli, Paula Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Bariloche. Argentina Fil: Gonzalez, Sergio Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina Fil: Azpilicueta, María M. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Bariloche. Argentina Fil: Hopp, Horacio Esteban. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; Argentina Fil: Gallo, Leonardo A. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Bariloche. Argentina Fil: Paniego, Norma Beatriz. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Marcucci Poltri, Susana Noemi. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Biotecnología; Argentina 2021-03-22T17:49:15Z 2021-03-22T17:49:15Z 2012-07-02 info:ar-repo/semantics/artículo info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://hdl.handle.net/20.500.12123/8953 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-13-291 0888-7543 https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-291 eng info:eu-repograntAgreement/INTA/AEBIO-242421/AR./Monitoreo de diversidad funcional en respuesta al estrés abiótico en especies forestales nativas en el contexto de cambio climático info:eu-repograntAgreement/INTA/AEBIO-242001/AR./Desarrollo de indicadores genómicos para la caracterización y el manejo sustentable de la biodiversidad de los agroecosistemas (continuación PPR Ecología molecular) info:eu-repograntAgreement/INTA/AEBIO-245001/AR./Bioinformática aplicada a proyectos genómicos de interés agropecuario info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf Genomics 13: 291 (2012) BMC Genomics 13 : 291 (2012) |
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