Molecular versus morphological markers to describe variability in sugar cane (Saccharum officinarum) for germplasm management and conservation = Marcadores moleculares y morfológicos para la descripción de variabilidad en caña de azúcar (Saccharum officinarum) con fines de manejo y conservación de germoplasma
Sugarcane is one of the most important industrial crops in tropical and subtropical regions. INTA (Argentina) administrates a Sugarcane Germplasm Bank and carries out a breeding program. The current study was designed to assess the phenotypic and genetic diversity among 65 sugarcane accessions selec...
| Main Authors: | , , , , , , |
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| Language: | Inglés |
| Published: |
Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Cuyo
2020
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| author | Pocovi, Mariana Ines Collavino, Norma Graciela Gutiérrez, Ángela Taboada, Gisel María Castillo, Verónica Delgado, Romina Mariotti Martinez, Jorge Alberto |
| author_browse | Castillo, Verónica Collavino, Norma Graciela Delgado, Romina Gutiérrez, Ángela Mariotti Martinez, Jorge Alberto Pocovi, Mariana Ines Taboada, Gisel María |
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| author_sort | Pocovi, Mariana Ines |
| collection | INTA Digital |
| description | Sugarcane is one of the most important industrial crops in tropical and subtropical regions. INTA (Argentina) administrates a Sugarcane Germplasm Bank and carries out a breeding program. The current study was designed to assess the phenotypic and genetic diversity among 65 sugarcane accessions selected from the INTA. Clustering and ordination methods based on quantitative and qualitative morphological traits and SSR data were applied. Generalized Procrustes Analysis allowed evaluating the correlation between relationships established with both markers A good of fit between dendrograms and similarity matrices were revealed by high cophenetic coefficients (r=0.82, p<0.0001; r=0.73, p<0.0001; r=0.82, p<0.0001 for phenotypic quantitative, phenotypic qualitative and molecular data respectively). The presence of different reliable population structure was observed when considering different data sources. Procrustes allowed finding those accessions that should have been responsible for the low correlation found between the individual configurations (73%). Both morphologic and molecular markers resulted discriminative enough to differentiate among accessions. It was not possible, however, to correlate associations of markers with the origin of materials. Phenotypic and genetic distances based on morphology and molecular information serves to assist conservation and organization of collection of materials, and the choice of parent combinations for breeding purposes. |
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| id | INTA7498 |
| institution | Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA -Argentina) |
| language | Inglés |
| publishDate | 2020 |
| publishDateRange | 2020 |
| publishDateSort | 2020 |
| publisher | Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Cuyo |
| publisherStr | Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Cuyo |
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| spelling | INTA74982024-08-20T11:25:32Z Molecular versus morphological markers to describe variability in sugar cane (Saccharum officinarum) for germplasm management and conservation = Marcadores moleculares y morfológicos para la descripción de variabilidad en caña de azúcar (Saccharum officinarum) con fines de manejo y conservación de germoplasma Pocovi, Mariana Ines Collavino, Norma Graciela Gutiérrez, Ángela Taboada, Gisel María Castillo, Verónica Delgado, Romina Mariotti Martinez, Jorge Alberto Caña de Azúcar Marcadores Genéticos Variación Genética Germoplasma Saccharum officinarum Fitomejoramiento Sugarcane Genetic Markers Genetic Variation Germplasm Plant Breeding Marcadores Moleculares Sugarcane is one of the most important industrial crops in tropical and subtropical regions. INTA (Argentina) administrates a Sugarcane Germplasm Bank and carries out a breeding program. The current study was designed to assess the phenotypic and genetic diversity among 65 sugarcane accessions selected from the INTA. Clustering and ordination methods based on quantitative and qualitative morphological traits and SSR data were applied. Generalized Procrustes Analysis allowed evaluating the correlation between relationships established with both markers A good of fit between dendrograms and similarity matrices were revealed by high cophenetic coefficients (r=0.82, p<0.0001; r=0.73, p<0.0001; r=0.82, p<0.0001 for phenotypic quantitative, phenotypic qualitative and molecular data respectively). The presence of different reliable population structure was observed when considering different data sources. Procrustes allowed finding those accessions that should have been responsible for the low correlation found between the individual configurations (73%). Both morphologic and molecular markers resulted discriminative enough to differentiate among accessions. It was not possible, however, to correlate associations of markers with the origin of materials. Phenotypic and genetic distances based on morphology and molecular information serves to assist conservation and organization of collection of materials, and the choice of parent combinations for breeding purposes. La caña de azúcar es uno de los cultivos industriales más importantes de regiones tropicales y subtropicales. El INTA (Argentina) administra un Banco de Germoplasma de caña de azúcar y lleva a cabo un programa de mejora. El presente trabajo fue diseñado para estimar la variabilidad fenotípica y genética entre 65 accesiones de caña de azúcar seleccionadas del INTA. Se aplicaron métodos de clasificación y ordenamiento en el análisis de datos morfológicos y de SSR. EL Análisis de Procrustes Generalizado permitió evaluar la correlación entre las relaciones establecidas a partir de ambos tipos de marca-dores. Un buen ajuste entre los dendrogramas y las matrices de similitud fue soportado por un alto coeficiente de correlación cofenética (r=0,82, p<0,0001; r=0,73, p<0,0001; r=0,82, p<0,0001 para datos cuantitativos, cualitativos y moleculares respectivamente). La presencia de una estructura poblacional fue reconocida cuando se consideraron los diferentes tipos de datos. El Procrustes permitió detectar aquellas accesiones que serían responsables de la baja correlación detectada entre configuraciones individuales (73%). Tanto los marcadores morfológicos como los moleculares resultaron lo suficientemente discriminativos para diferenciar accesiones. No obstante, no fue posible correlacionar las asociaciones establecidas por los marcadores con el origen de los materiales. Las distancias fenotípicas y genéticas basadas en información morfológica y molecular será de utilidad para asistir en la conservación y organización de los materiales de la colección y elegir combinaciones parentales con propósito de mejora. EEA Famaillá Fil: Pocovi, Mariana Ines. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Collavino, Norma Graciela. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Gutiérrez, Ángela. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Taboada, Gisel María. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Castillo, Verónica. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Delgado, Romina. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina Fil: Mariotti Martinez, Jorge Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Famaillá; Argentina. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Laboratorio de Marcadores Moleculares; Argentina 2020-07-01T13:03:22Z 2020-07-01T13:03:22Z 2020-06 info:ar-repo/semantics/artículo info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://hdl.handle.net/20.500.12123/7498 http://revistas.uncuyo.edu.ar/ojs/index.php/RFCA/article/view/3026 0370-4661 1853-8665 eng info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional de Cuyo Revista de la Facultad de Ciencias Agrarias / Universidad Nacional de Cuyo 52 (1) : 40-60. (2020) |
| spellingShingle | Caña de Azúcar Marcadores Genéticos Variación Genética Germoplasma Saccharum officinarum Fitomejoramiento Sugarcane Genetic Markers Genetic Variation Germplasm Plant Breeding Marcadores Moleculares Pocovi, Mariana Ines Collavino, Norma Graciela Gutiérrez, Ángela Taboada, Gisel María Castillo, Verónica Delgado, Romina Mariotti Martinez, Jorge Alberto Molecular versus morphological markers to describe variability in sugar cane (Saccharum officinarum) for germplasm management and conservation = Marcadores moleculares y morfológicos para la descripción de variabilidad en caña de azúcar (Saccharum officinarum) con fines de manejo y conservación de germoplasma |
| title | Molecular versus morphological markers to describe variability in sugar cane (Saccharum officinarum) for germplasm management and conservation = Marcadores moleculares y morfológicos para la descripción de variabilidad en caña de azúcar (Saccharum officinarum) con fines de manejo y conservación de germoplasma |
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