Análisis comparativo de diferentes métodos y puntos de corte para la determinación de expresión génica diferencial en bases de datos complejas obtenidas de transcriptomas de maíz
Existe una amplia variedad de datos transcriptómicos públicamente disponibles en NCBI, provenientes de estudios donde se ha evaluado la respuesta del cultivo de maíz frente a Fusarium verticillioides, F. graminearum y Ustilago maydis. Dos de las herramientas más utilizadas para determinar los genes...
| Autores principales: | , , |
|---|---|
| Formato: | Póster informativo |
| Lenguaje: | Español |
| Publicado: |
2024
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| Materias: | |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/20.500.12123/16743 |
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|---|---|
| author | Peñas Ballesteros, Andrea Baricalla, Agustín Ariel Iglesias, Juliana |
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| description | Existe una amplia variedad de datos transcriptómicos públicamente disponibles en NCBI, provenientes de estudios donde se ha evaluado la respuesta del cultivo de maíz frente a Fusarium verticillioides, F. graminearum y Ustilago maydis.
Dos de las herramientas más utilizadas para determinar los genes que se expresan diferencialmente son DESeq2 y edgeR.
EdgeR permite la utilización de dos métodos con enfoques diferentes para ajustar y contrastar los datos: la prueba de razón de verosimilitud (LRT) y la prueba F de cuasi verosimilitud (QL-F test).
Objetivo: Comparar diferentes herramientas, enfoques y puntos de corte utilizados para determinar expresión génica diferencial en un metaanálisis basado en datos provenientes de múltiples transcriptomas de maíz expuestos a diversos patógenos. |
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| id | INTA16743 |
| institution | Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA -Argentina) |
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| spelling | INTA167432024-02-21T17:33:30Z Análisis comparativo de diferentes métodos y puntos de corte para la determinación de expresión génica diferencial en bases de datos complejas obtenidas de transcriptomas de maíz Peñas Ballesteros, Andrea Baricalla, Agustín Ariel Iglesias, Juliana Maíz Genética Genotipos Transcriptomas Análisis Comparativo Maize Genetics Genotypes Transcriptome Comparative Analysis Existe una amplia variedad de datos transcriptómicos públicamente disponibles en NCBI, provenientes de estudios donde se ha evaluado la respuesta del cultivo de maíz frente a Fusarium verticillioides, F. graminearum y Ustilago maydis. Dos de las herramientas más utilizadas para determinar los genes que se expresan diferencialmente son DESeq2 y edgeR. EdgeR permite la utilización de dos métodos con enfoques diferentes para ajustar y contrastar los datos: la prueba de razón de verosimilitud (LRT) y la prueba F de cuasi verosimilitud (QL-F test). Objetivo: Comparar diferentes herramientas, enfoques y puntos de corte utilizados para determinar expresión génica diferencial en un metaanálisis basado en datos provenientes de múltiples transcriptomas de maíz expuestos a diversos patógenos. EEA Pergamino Fil: Peñas Ballesteros, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Pergamino. Departamento de Maíz; Argentina Fil: Peñas Ballesteros, Andrea. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (UNNOBA). Escuela de Ciencias Agrarias, Naturales y Ambientales; Argentina Fil: Peñas Ballesteros, Andrea. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (UNNOBA). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina Fil: Baricalla, Agustín Ariel. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (UNNOBA). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina Fil: Baricalla, Agustín Ariel. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (UNNOBA). Escuela de Ciencias Agrarias, Naturales y Ambientales; Argentina Fil: Iglesias, Juliana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Pergamino. Departamento de Maíz; Argentina Fil: Iglesias, Juliana. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Escuela de Agrarias, Naturales y Ambientales; Argentina Fil: Peñas Ballesteros, Andrea. Universidad Nacional de San Antonio de Areco (UNSAdA). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina Fil: Peñas Ballesteros, Andrea. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - (CONICET). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina Fil: Baricalla, Agustín Ariel. Universidad Nacional de San Antonio de Areco (UNSAdA). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina Fil: Baricalla, Agustín Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET). Centro de Investigaciones y Transferencias del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires (CITNOBA); Argentina 2024-02-21T17:23:10Z 2024-02-21T17:23:10Z 2023-08 info:ar-repo/semantics/póster info:eu-repo/semantics/conferenceObject info:eu-repo/semantics/acceptedVersion http://hdl.handle.net/20.500.12123/16743 spa info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf 8vo Simposio Argentino de Jóvenes Investigadores en Bioinformática, San Martín, Buenos Aires, del 2 al 3 de agosto 2023. |
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