| Sumario: | En este estudio se evaluó la variación intraespecífica para la especie Passiflora edulis f. edulis a nivel del DNA, usando marcadores moleculares AFLPs y SSR. Se colectaron 60 materiales de gulupa de cultivos comerciales ubicados en los departamentos de Cundinamarca, Boyacá, Huila, Tolima, Quindío y Antioquia, adicionalmente se incluyeron diez materiales del Banco de Germoplasma Vegetal Corpoica La Selva. Como testigos se emplearon una planta de gulupa no cultivada comercialmente y tres especies ubicadas dentro del género Passiflora: maracuyá, cholupa y granadilla. Del tamizaje inicial de 48 combinaciones AFLPs se seleccionaron las seis combinaciones más informativas. Con estas combinaciones se obtuvieron entre 52 y 92 fragmentos para un total de 419 por genotipo. De los 17 marcadores microsatélites reportados para maracuyá ocho de ellos amplificaron exitosamente en gulupa. Con el total de los fragmentos obtenidos, se construyó un dendograma utilizando el coeficiente de similaridad de Dice y el algoritmo UPGMA. Los coeficientes de similaridad estuvieron en un rango de 0,75-0,99 con un promedio de 0,96 entre los materiales de gulupa con lo cual se evidenció baja variabilidad genética entre los individuos. Con base en el análisis de correspondencia múltiple fue posible identificar seis individuos que se diferenciaron del grupo de los materiales evaluados
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