Aplicación de la tecnología de secuenciación Oxford Nanopore Technologies para la confirmación de materiales de referencia bacterianos - Niño Jimenez, Diana Patricia; Gonzalez, Laura Juliana; Gutierrez, Alejandro; Muñoz, Christian; Ramirez, Julio Cesar; Cuervo, Maritza (2024)
El banco de germoplasma de la Alianza Bioversity International y CIAT, conserva tres colecciones de importancia económica: frijol, forrajes tropicales y yuca. El banco conserva y distribuye el germoplasma, asegurando su calidad fitosanitaria con las pruebas de diagnóstico realizadas por la Unidad de Sanidad de Germoplasma (GHU), para detección de patógenos cuarentenarios como hongos, virus, bacterias y fitoplasmas. Los procesos de indexación son realizados siguiendo protocolos de diagnóstico previamente estandarizados y validados. En el caso específico de bacterias, el GHU cuenta con un conjunto de controles positivos (ácidos nucleicos y cepas) para diagnóstico que provienen de aislados propios y material de intercambio con laboratorios asociados. Corroborar la idoneidad de los controles positivos empleados en las pruebas moleculares es fundamental para confirmar la especificidad del diagnóstico. Por esta razón, se identificaron a nivel molecular aplicando la tecnología de secuenciación de Oxford Nanopore Technologies (ONT) para la obtención del genoma completo. Posteriormente se realizó el análisis bioinformático para el ensamblaje y anotación de las secuencias obtenidas. Para la identificación del género de las bacterias fitopatógenas, como referencia se utilizaron las secuencias del gen 16S rRNA desde las bases de datos del NCBI (National Center for Biotechnology Information). La secuenciación con ONT permitió la identificación molecular y, por lo tanto, la confirmación de las cepas conservadas por el GHU, mostrando cepas de especies pertenecientes a géneros tales como Xanthomonas, Curtobacterium, Burkholderia y Acidovorax, los cuales serán aplicados como controles internos para el diagnóstico de rutina aplicando metodologías moleculares como PCR o qPCR, además de contribuir este resultado con los requisitos de la norma en la documentación del material de referencia. Palabras clave: Indexación, material de referencia, ONT, PCR, qPCR.